Проводившие расследование этой трагедии эксперты поначалу высказывали две версии: самолёт развалился в воздухе по техническим причинам или в нём сработало взрывное устройство, незаметно пронесенное в салон. В те годы в Италии активно действовали доморощенные террористы из «Красных бригад» и их оппоненты неофашистского толка. Однако с течением времени первоначальная версия стала подвергаться сомнению.
И на то были причины.
С самого начала выводы экспертов поставил под сомнение владелец авиакомпании Альдо Даванцали (умер в 2005 году). Нанятые им независимые эксперты, изучив останки самолета, тела пассажиров и записи радаров, сделали вывод: самолет был сбит ракетой одной из стран НАТО. Эту версию со всей серьезностью восприняли в Германии и США, но её сразу же отвергло тогдашнее правительство Италии. Более того, власти отозвали лицензию авиакомпании, фактически обанкротив её. Сейчас борьбу за выяснение правды и восстановление доброго имени отца ведут две его дочери, получающие поддержку многих итальянцев через социальные сети в Интернете.
Спустя несколько дней после трагедии над Устикой британская газета «Ивнинг стандард» опубликовала сенсационную новость, в которой утверждалось, что авиалайнер был сбит ракетой, пущенной с одного из двух французских авианосцев, проводивших учебные стрельбы по воздушным мишеням в злополучном районе Тирренского моря. Задержка авиарейса на два часа, по мнению газеты, вполне могла привести к роковой ошибке…
Через три недели после гибели авиалайнера в горах Калабрии, на юге Италии, случайно обнаружили разбившийся советский истребитель МиГ и тело ливийского пилота. Многим это показалось загадочным совпадением – и по времени, и по месту катастрофы. Однако совместная итало-ливийская комиссия по расследованию поспешила заявить, что пилот погиб в тот день, когда была сделана находка, а причиной послужила его грубая ошибка. И лишь через несколько лет в руки сицилийского судебного следователя Розарио Приоре попадет заключение судмедэксперта, исследовавшего тело погибшего ливийца. В документе однозначно говорилось, что летчик умер 27 июня 1980 года. А 30 ноября того же года группа американских экспертов распространила свое собственное расследование, в котором делался вывод о том, что ДС-9 был сбит именно ракетой. Но итальянское правительство никак не отреагировало ни на публикацию в английской газете, ни на мнение американских специалистов.
Досье по этому делу надолго положили под сукно. Лишь в 1986 году родственники погибших обратились к тогдашнему президенту Италии Франческо Коссиге с просьбой выяснить, наконец, правду о трагедии. И глава государства дал соответствующее поручение правительству Беттино Кракси. Были созданы две технические комиссии, одна из которых вскоре пришла к выводу: пассажирский лайнер был сбит ракетой, однако для полной уверенности необходимо провести работу по восстановлению корпуса самолёта. На этом дело застопорилось вновь…
И только в 2008 году Ф.Коссига, в то время пожизненный сенатор, выступил в одном из телевизионных интервью с неожиданным заявлением. Сославшись на сведения секретной службы Италии СИСМИ, он сообщил, что авиалайнер по ошибке был сбит ракетой самолета французских ВМС, которые охотились на тогдашнего лидера Ливии Муамара Каддафи из-за острого спора между Парижем и Триполи за часть территории Чада.
По этой версии, ливийский лидер летел на личном ДС-9 в сопровождении истребителя МиГ на Мальту, но был оповещён итальянскими агентами о готовящемся покушении. Самолет полковника Каддафи двигался параллельным курсом с пассажирским ДС-9, уклоняясь от французских радаров. По словам экс-президента Италии, в свою очередь, пилот французского истребителя, чтобы не быть замеченным ливийцами, летел под итальянским авиалайнером, и с этой позиции выпустил ракету по самолёту ливийского лидера. «Случилась ошибка, приведшая к ужасной трагедии», – подтвердил Ф.Коссига двум итальянским журналистам в 2010 году, за несколько месяцев до смерти. Да ещё посоветовал им не продолжать это расследование во Франции, чтобы не стать жертвой «пищевого отравления или внезапного дорожно-транспортного происшествия». Он явно намекал на то, что с момента авиакатастрофы близ острова Устика погибли при странных обстоятельствах 12 человек, в основном, тогдашние диспетчеры и пилоты, которые могли бы выступить свидетелями.
До сих пор сменявшие друг друга правительства Франции категорически опровергали присутствие своих военных самолётов в тот день в злополучной воздушной зоне. Однако один из генералов, служивших в то время на острове Корсика, подтвердил, что вечером 27 июня 1980 года несколько французских истребителей покинули местную военную базу и направились к берегам Италии. Их активность была замечена и диспетчерами римского аэропорта Фьюмичино.
Родственники жертв авиакатастрофы всё настойчивее требуют от президента Франции Франсуа Олланда рассекретить данные о трагедии 32-летней давности, если они действительно до сих пор хранятся в Париже.
В 2013 году Верховный кассационный суд Италии рассмотрел дело об авиакатастрофе, произошедшей в 1980 году над островом Устика, и установил, что при расследовании причин трагедии имело место введение судебных властей в заблуждение. До этого, в декабре 2005 года Апелляционный суд Рима оправдал двух генералов ВВС Италии в отставке Ламберто Бартолуччи и Франко Ферри, которые обвинялись в государственной измене. Им, в частности, инкриминировалась попытка ввести в заблуждение правительство Италии и другие государственные органы и скрыть истинные причины и обстоятельства гибели DC-9.