Сценарий этого фильма создавался Джеком Лондоном для Голливуда, но американская кинокомпания почему-то его забраковала, и он был переделан под полноценный роман и напечатан в одной из вечерних газет Нью-Йорка. Роман «Сердца трех» оказался последним произведением великого Джека Лондона, так же как и спустя годы, по странному стечению обстоятельств, фильм по этому роману будет снят в Советском Союзе и окажется последним фильмом этой страны.
Идея создания фильма «Сердца трех» принадлежит советскому режиссеру Владимиру Попкову, который с детства обожал произведения Джека Лондона. Будучи уже известным кинорежиссером, он решил снять фильм по роману любимого автора «Сердца трех», который почему-то был отвергнут Голливудом и в течение 75 лет не экранизировался.
Режиссер Владимир Попков и актеры на съемках
В ССССР фильм тоже был утвержден не сразу. Сценарий, написанный по просьбе режиссера сценаристами Олегом Колесниковым и Романом Фурманом, несколько раз рассматривался комиссией Госкино, но всякий раз по каким-то причинам отвергался.
Решение о начале съемок на киевской киностудии имени Довженко было принято в начале 1991 года. Однако приступили к съемкам не сразу. На стадии написания сценария была договоренность с Олегом Меньшиковым, что он будет сниматься в главной роли и сыграет двух братьев, похожих друг на друга.
Однако когда фильм наконец-то был утвержден, актер оказался занят на съемках другой картины, и пришлось срочно искать актеров. Поиски затянулись на долгое время. 
Сергей Жигунов в фильме Сердца трех
На главную роль в картине рассматривались разные кандидатуры, пробовались Александр Домогаров, Дмитрий Марьянов и некоторые другие актеры, но режиссер искал «американский типаж» и постоянно чем-то оставался недоволен.
И только когда на съемочную площадку попал Сергей Жигунов, Попков остановился на его кандидатуре. От идеи игры одного актера в двух ролях - Фрэнсиса и Генри Моргана, и от портретного сходства этих персонажей он отказался.
И хотя Жигунов прошел пробы на обе роли, режиссер думал, какая ему больше подойдет. А в это время Жигунов привел на съемочную площадку своего друга Владимира Шевелькова, с которым незадолго до этого снимался в фильме «Гардемарины, вперед!», и предложил режиссеру попробовать его на роль Фрэнсиса, а сам вызвался играть роль Генри.
Дуэт оказался удачным, хотя поначалу у Попкова были сомнения - не навредит ли узнаваемость «гардемаринов» новым ролям актеров. Но когда Жигунов и Шевельков вышли на съемочную площадку, все сомнения у режиссера сразу отпали. 
Владимир Шевельков в фильме Сердца трех
Владимир Шевельков, снимавшийся вместе с Жигуновом в «Гардемаринах», как ни странно, был очень недоволен своим успехом. До этого ему приходилось играть динамичные роли, а после съемок в «Гардемаринах» предложений хоть и не стало меньше, но все это были роли тихих и скромных пай-мальчиков, которые по жизни претили актеру.
Однако он был рад, что во время съемок подружился с Сергеем Жигуновым и благодаря этой дружбе согласился еще раз поработать с ним рядом на съемочной площадке, при этом дав себе слово, что это будет его последняя роль в кино.
После съемок в фильме «Сердца трех» Владимир Шевельков действительно, оставил кинематограф на долгих десять лет. Работал барменом в кафе, снимался в рекламе и говорил всем, что после перестройки про настоящее кино можно забыть, его больше нет. 
Алена Хмельницкая в фильме Сердца трех
Роль Леонсии Солано оказалась самой неуловимой для режиссера, на нее пробовалось около 80 актрис, и Попков уже отчаялся найти подходящий типаж, когда кто-то из актеров предложил попробовать в этой роли знакомую студентку школы-студии МХАТ Алену Хмельницкую.
Когда Хмельницкая появилась на съемочной площадке, то понравилась всем, кроме режиссера. Но уставший от поисков Попков просто махнул рукой. Однако позже он сам признал, что образ Леонсии удался, а для Хмельницкой она стала пропуском в большое кино. 
Самая загадочная актриса в фильме Пирет Мянгел
С этой ролью все было совсем не просто, режиссер искал для нее актрису «с марсианской внешностью», и такая актриса нашлась в театральной школе Эстонии. Пирет Мянгел не только обладала экзотической внешностью, но и таким же странным характером.
Она плохо говорила по-русски, держалась особняком и не скрывала своего пренебрежительного отношения к другим актерам. Все это было настолько заметно, что в сцене, где жрица Бога Солнца заносит нож над спящим Фрэнсисом, Шевельков опасался, что она его по-настоящему заколет.
После выхода картины на экраны Пирет Мянгел неожиданно куда-то пропала, не появлялась на экранах, не давала никаких интервью, Владимир Попков хотел пригласить эстонскую актрису в свою новую картину, но не смог ее найти. Говорили, что она вышла замуж за иностранца, сменила фамилию, уехала за границу и перестала сниматься в кино. 
На съемках фильма Сердца трех
После долгих поисков актерский состав съемочной группы наконец-то был укомплектован, и она отправилась сначала в Крым, а затем в Индию, где в местных лесах, напоминающих тропические джунгли Южной Америки, должны были проходить съемки. По возвращении из Индии актеры узнали, что Советского Союза, из которого они уезжали на съемки, больше не существует, а вместе с ним не существует и Госкино СССР.
Оставалось снять несколько эпизодов, когда режиссеру сообщили, что государственное финансирование картины прекращено. Ситуацию спасли Сергей Жигунов и Владимир Шевельков. Они быстро смогли зарегистрировать частную продюсерскую компанию и взяли кредит в банке.
Один миллион рублей по тем временам была огромная сумма, но она позволила съемочной группе закончить работу над фильмом и даже смонтировать его в двух вариантах - двухсерийный для показа в кинотеатрах, и пятисерийный, для показа по телевидению. Благодаря этому кредит был своевременно возвращен, а фильм увидели миллионы зрителей. Хотя большинство картин, которые попали в такую же ситуацию, оказались надолго замороженными, а некоторые так и не вышли на экраны.
