В 10 часов утра по местному времени из аэропорта Бен-Гурион (Тель-Авив) в Новосибирск вылетел самолет авиакомпании «Сибирь» (бренда S7 тогда еще не существовало). Салон был полупустым, билеты купили только 66 человек. У большинства были израильские паспорта, но фактически в основном это были бывшие граждане СССР и России, уехавшие в Израиль в разное время. Кто-то возвращался после посещения родственников, кто-то, наоборот, летел к родным, оставшимся в Новосибирске, для кого-то это был обычный деловой перелет.
Через час сорок самолет вошел в зону ответственности российского диспетчерского центра, летчики были готовы приступить к снижению, им предстояла посадка в Сочи для плановой дозаправки — без посадки Ту-154 такой маршрут преодолеть не мог.
Валерий Лаптев, бортинженер Ту-154
В 12:45 по московскому времени экипаж экстренно вышел на связь — магнитофон автоматизированной системы управления воздушным движением зафиксировал звуки нажатия бортовой радиостанции, шумы и крики экипажа. Единственная фраза, которую удалось разобрать: «Куда попали?» Потом самолет внезапно исчез с радаров. В то же время пилот самолета Ан-24 авиакомпании «Армавиа», который летел примерно на километр ниже, доложил о вспышке вверху и падении обломков самолета.
Начались поиски того, что могло остаться от самолета. Сначала удалось обнаружить масляные пятна на поверхности воды, а потом и несколько обломков, а также тела части пассажиров, плавающие на поверхности моря. Удалось найти только 14 трупов, несколько фрагментов тел и больше 400 осколков корпуса самолета. Никто не выжил. Всё остальное погрузилось на дно. 
В день трагедии на мысе Опук (восточная часть Крыма) проходили учения украинской армии, в ходе которых дивизион зенитно-ракетной бригады выпустил 23 ракеты разного класса. Один из пусков произошел как раз в 12:41 по Москве. Комплекс С-200 должен был поразить беспилотный самолет-мишень.
Российское руководство, впрочем, поначалу не спешило возлагать ответственность за случившееся на Украину. А в тот же день президент Владимир Путин заявил, что украинские силы ПВО не могли сбить российский самолет.
— Во-первых, заранее все необходимые службы на Украине были поставлены в известность. Во-вторых, оружие, которое использовалось в это время, по тактико-техническим данным не могло достать воздушных коридоров, в которых находилось наше воздушное судно, — заявил тогда Путин.
Что установило расследование
Первой и самой естественной версией причин катастрофы стал теракт. Менее чем за месяц до этого исламские террористы захватили четыре пассажирских самолета (два врезались в башни-близнецы в Нью-Йорке, один упал на здание Пентагона и еще один не долетел до возможной третьей цели атаки). Взрыв самолета из Тель-Авива (не важно, куда он направлялся) вполне вписывался в этот ряд.
Однако, как только началось изучение доставленных на берег обломков, стало понятно, что наиболее вероятная причина катастрофы — попадание ракеты. В обломках фюзеляжа и внутренних элементов самолета насчитали 460 характерных пробоин, оставленных металлическими шариками. Сами шарики были извлечены также из тел жертв, которые удалось обнаружить во время поисков. Именно такие шарики, шрапнель, используются в качестве основного поражающего элемента в ракетах «земля-воздух».
Как писало еще в 2003 году украинское издание ZN.UA, учения проходили со множеством нарушений. У зенитчиков практически не было опыта стрельбы реальными ракетами, и когда на радаре появились сразу три точки (беспилотный самолет-мишень, Ту-154 и Ан-24 «Армавиа»), они просто выбрали наиболее крупную цель, не запросив дальности до целей (это позволило бы понять, что две из них явно находятся вне зоны стрельбы). Причиной такой спешки стало присутствие на командном пункте высших чинов Минобороны. Это были вторые в принципе и первые по-настоящему крупные учения войск ПВО независимой Украины.
Получив информацию о том, что на экране три цели, руководивший стрельбами генерал-лейтенант Владимир Дьяков скомандовал: «Пошли их в сраку! Огонь!» — цитирует издание результаты своего расследования катастрофы. 
Руководитель авиакомпании «Сибирь» Владислав Филёв демонстрирует элементы салона, которые удалось выловить в море
Еще одной причиной трагедии стало то, что, затеяв учения, военные были обязаны предупредить об этом летные службы, временно полностью запретив любые полеты гражданских судов в опасной зоне. Поскольку на учениях использовались ракетные комплексы С-200, размер этой зоны должен был быть как минимум не меньше максимальной дальности полета такой ракеты (300 километров). Однако в этом случае украинскому Минобороны пришлось бы выплачивать авиакомпаниям компенсации за изменение курса. Поэтому небо было закрыто только в 70-километровой зоне вокруг мыса Опук.
Случившееся 4 октября описывает короткая фраза неназванного украинского военного: «Не туда попали». 
Самолет был поражен ракетой на высоте 11 километров, она не попала непосредственно в лайнер, а, совершив маневр, настигла его сверху и взорвалась на расстоянии нескольких десятков метров, изрешетив его шрапнелью. Основной удар пришелся на центральную часть, крылья и топливные баки. В более поздних сообщениях о катастрофе часто можно встретить мнение, что жертвы погибли мгновенно, в результате баротравмы (резкого перепада давления). Однако в 2001 году специалисты, которые анализировали найденные обломки и тела жертв, утверждали, что самолет не сразу развалился на куски, однако полученные им повреждения не давали никаких шансов на спасение. Фюзеляж был разрушен, двигатели и крылья оторваны. Судя по тому, что в крови жертв были обнаружены следы угарного газа, на борту вспыхнул пожар: это могло быть топливо, остававшееся в баках.
Что говорили власти Украины
С самого начала украинские власти отказывались признать свою вину, настаивая на том, что сам по себе факт поражения самолета ракетой не доказывает вины их военных. В качестве доводов в свою пользу украинской стороной приводились самые разные соображения. Так, в ходе поисков действительно не были найдены ни части ракеты, ни черные ящики самолета (что неудивительно, поскольку большая часть осколков погрузилась на дно). Указывалось также на неполное соответствие состава взрывчатого вещества, обнаруженного на шариках шрапнели, взрывчатому веществу в ракетах С-200.
Тем не менее межгосударственный авиационный комитет (МАК) пришел к выводу, что лайнер сбила именно зенитная ракета С-200, запущенная силами ПВО Украины во время военных учений. Ответственность своей страны сначала нехотя, но признал тогдашний президент Украины Леонид Кучма, сделав это, правда, в очень странной форме.
«Что мы — первые или последние? Не нужно из этого делать трагедию, раз уж случилась какая-то ошибка. Ошибки случаются всюду, и не только такого масштаба, значительно большего масштаба — планетарного», — заявил он, отвечая на вопросы журналистов.
Извинения принес и министр обороны, генерал армии Александр Кузьмук, правда, сделал он это тоже в довольно странной манере, поставив в один ряд не только родственников погибших, но и «президента, правительство, Верховную Раду и народ Украины», поскольку случившимся «нанесен ущерб авторитету государства».
Заявления эти, впрочем, не имели никаких реальных последствий. Уголовное дело по факту крушения самолета было закрыто в России и открыто в Украине, но виновные в трагедии так и не были названы. Кузьмука отправили в отставку, что не помешало ему стать потом сначала депутатом Рады, а потом и вице-премьером, курирующим деятельность силовых органов.
Официально Украина не признала свою вину до сих пор. В 2005 году правительство этой страны перечислило Израилю и России компенсации для родственников погибших (по $200 тысяч за каждого убитого), однако сделано это было в качестве «добровольной гуманитарной выплаты». Основная причина такой половинчатой позиции в том, что официальное признание открывало бы дорогу к судебным искам, с которыми могли бы (и обязательно обратились бы) родственники погибших в международный суд. Отрицая же свою ответственность, Украина делала необходимым вновь проводить разбирательство по существу, что существенно усложняло бы судебную тяжбу для потенциальных истцов.
Авиакомпания не получила ничего
Гуманитарные выплаты не коснулись имущественного ущерба. Авиакомпания «Сибирь» много лет пыталась судиться с Украиной, требуя компенсации в размере 15,3 миллиона долларов за уничтоженный самолет. Поскольку иск был подан в украинский суд, повторная экспертиза причин катастрофы была поручена украинским же экспертам из Киевского научно-исследовательского института судебных экспертиз (КНИИСЭ) и Харьковского института воздушных сил. Эксперты выдали заключение, основная суть которого сводилась к тому, что самолет не мог быть поражен украинской ракетой. На вопрос, что именно случилось 4 октября 2001 года над Черным морем, эксперты ответа не дали.
На основании этого заключения в 2011 году хозяйственный суд Киева отказал российской компании полностью, мотивируя это тем, что украинскими органами следствия так и не был установлен виновник катастрофы. «Сибирь» пыталась обжаловать это решение в Верховном Суде Украины, но и он в 2013 году оставил его в силе.
Что дальше?
В самой Украине сегодня распространено мнение, что крушение самолета произошло по каким-то иным причинам, вплоть до сознательной провокации России. В свою очередь, события 20-летней давности приводятся в качестве одного из доводов сторонниками версии о том, что сбитый над Донбассом «Боинг» «Малайзийских авиалиний» стал жертвой именно украинских военных. В качестве альтернативной версии причин катастрофы Александр Кузьмук несколько лет назад в интервью называл покушение на какого-то конкретного пассажира, ответственность за которое злоумышленники хотели переложить на третью сторону.
От попыток поднять со дна остатки самолета (в том числе так и не найденные черные ящики) было решено отказаться. Глубина в этом месте достигает двух километров, нижние слои насыщены сероводородом, а дно покрыто толстым слоем ила, что делало такую операцию сложной и опасной (без каких-то гарантий, что удастся найти новые улики).
В 2015 году родственники погибших направили обращения в российскую генпрокуратуру и президенту с требованием возобновить расследование этой трагедии. Однако ни к каким результатам это до сих пор не привело. Да и не могло привести. Даже если бы российская прокуратура провела новое расследование, а российский суд принял бы по этому поводу какое-то решение, заставить Украину выполнять это решение сегодня, после Крыма и Донбасса, вряд ли реально.
